Nectin-4靶向多肽发现与PDC设计数据库
NECTIN-4 PEPTIDE DISCOVERY PLATFORM

Nectin-4靶向多肽发现与PDC设计

汇集已知靶向肽、结构–活性关系、PDC组成与候选设计数据,支持序列检索、证据溯源、模型研判和优先级筛选。

TARGET / NECTIN-4 · PVRL4

Peptide discovery, from evidence to design.

围绕Nectin-4结合肽构建可检索的序列、骨架、活性和证据体系,并将强化学习候选生成、结构约束和多目标排序纳入同一研发工作流。

KNOWN PEPTIDES / CURATED6C TRICYCLIC / 3 DISULFIDESMULTI-OBJECTIVE RL
Nectin-4 D1与六半胱氨酸三环候选肽结合路径动画
候选肽结合路径NECTIN-4 D1 / 6C TRICYCLIC PEPTIDE
9已知多肽
31实验记录
67生物活性记录
1,300外部背景序列
5,000在线候选
1.05 M候选设计空间
PLATFORM WORKFLOW

研发数据流程

从已知序列和证据出发,连接结构规律、候选生成与优先级评估。

DATASET REGISTRY

数据库组成

覆盖多肽实体、候选库、PDC组件、实验活性、文献专利及结构计算记录。

INFORMATION ARCHITECTURE

三层数据架构

实体核心、候选设计与证据决策三层协同,支持检索、关联和数据更新。

LAYER 01

经整理的实体核心

  • 多肽、骨架、环化与非天然残基
  • 连接子、载荷与PDC组合
  • 实验、生物活性、文献与专利
LAYER 02

候选与SAR仓

  • BT8009系列58条SAR记录
  • 33个三环假设与多骨架Top 5000
  • 1.05百万候选设计空间
LAYER 03

证据与决策层

  • E1–E6证据等级与核验状态
  • 候选—母核对照与计算记录
  • 搜索、筛选、下载和API接口
ADVANCED SEARCH

全库检索

支持主题、编号、序列、骨架、来源等字段组合检索,并可通过“与、或、非”构建检索式。

输入条件开始检索支持字段组合与布尔逻辑
检索提示可直接使用主题检索;需要限定字段、资源类型或证据等级时,展开“高级检索”。
PEPTIDE ENTITIES

多肽实体库

区分已知Nectin-4结合肽、正向种子、外部肿瘤归巢肽背景序列,以及按“6C→3二硫键→3环”定义构建的三环候选。

REINFORCEMENT LEARNING / DECISION AI

强化学习候选设计模型

模型在单链、双环和三环三类骨架空间中学习骨架选择、残基组合、环拓扑和开发手柄策略,并以亲和、稳定性、溶解性、合成可行性与PDC兼容性构成多目标奖励。

TRAINING80策略更新轮次
ACTION SPACE61含3类骨架动作
OBJECTIVES5多目标奖励维度
SCAFFOLDS3单链 / 双环 / 三环
MODEL ARCHITECTURE

候选生成与策略更新

点击任一步骤,查看该阶段的输入、约束和输出。

TRAINING DYNAMICS

奖励与精英阈值

80 iterations
EXPLORATION

策略熵与多样性

Policy state
POLICY EXPLORER

策略动作查看器

DECISION WEIGHTS

多目标权重实验台

当前权重合计(自动归一化) 100
LIVE RANKING

权重驱动的动态Top 10

拖动权重后,候选顺序立即更新;点击条目查看完整序列与拓扑。

动态排名候选骨架母核环化/拓扑序列综合得分
CANDIDATE WAREHOUSE

Top 5000 · 多骨架候选库

候选库同时收录单链、双环和三环结构,并在统一指标体系下比较亲和、稳定性、溶解性、合成可行性与PDC兼容性。

下载Top 5000 CSV
PARETO VIEW

亲和代理—合成可行性

多骨架统一评分 · E1
横轴:合成可行性;纵轴:亲和代理。颜色区分单链、双环和三环候选;点击数据点打开条目详情。
SCAFFOLD COMPARISON

骨架综合比较

Top 100均值
比较三类骨架Top 100候选的综合奖励、亲和、稳定性与合成可行性。
FACETED BROWSE

候选筛选表

选择骨架后,环化方式和拓扑筛选会自动匹配;点击任一行查看完整候选信息。

候选筛选结果按当前条件显示
RANK / ID骨架 / 环数母核 / 手柄序列环化方式 / 拓扑亲和代理稳定性溶解性合成可行性PDC兼容性总体奖励
SCAFFOLD & SAR

骨架、环化与结构–活性关系

将骨架本体、环闭合位点、BT8009系列SAR记录、专利序列变体和设计规则分开管理,避免把“骨架优势”简化为单一综合分。

RING CLOSURE

环闭合记录

共12条,连接肽实体、环编号、位点范围、闭合类型和环化连接子。

环记录肽ID位点闭合类型连接子键描述
BT8009 SAR

58条公开SAR记录

保留化合物、母体、位点变化、实验指标、数值、单位、来源表格和解释。

化合物母体位点变化序列指标数值 / nM来源解释
DESIGN RULES

已提取设计规则

PDC COMPONENTS

连接子、载荷与PDC组合

PDC不是单一条目,而是“靶向肽 × 连接子 × 载荷 × 偶联位点 × 释放机制”的组合实体。平台保留每一层组件及其来源。

靶向肽

Peptide

已知Nectin-4结合肽、序列、骨架、环化和开发手柄。

连接子

Linker

环化连接子或PDC连接子,记录裂解模式、键型、触发条件和连接基团。

载荷

Payload

细胞毒或成像载荷,记录机制、应用、偶联手柄和开发状态。

EVIDENCE GRAPH

实验、活性与来源证据

同一数值必须连接到实验记录、来源位置、文献或专利、证据等级及核验状态。平台不以来源标题代替数据出处。

E3 专利/生物物理E4 细胞E5 体内/组合E1 代理候选MS 方法学模拟
STRUCTURAL COMPUTATION

跨骨架筛选后的10个优选三环候选与对照记录

Top 5000先在单链、双环和三环之间进行统一排名;综合代理比较后,入选本轮结构计算的10个优先候选均为三环结构,并与其双环母核进行成对对照。

ROUND 1

候选—母核MM/GBSA比较

方法学模拟 · kcal/mol
STABILITY

当前配对3×100 ns RMSD

方法学模拟 · Å
PAIR MATRIX

10对候选明细

三环候选同时显示代理优势、模拟计算表现、合成可行性和合成复杂度,不设为所有指标绝对最优。

配对候选母核第三环候选MM/GBSA母核MM/GBSA候选RMSD合成可行性合成复杂度研判
DATA DOWNLOAD

数据下载

按研究用途下载公开展示数据。数据字段、证据等级和来源信息与网页条目保持一致。

DOWNLOAD CENTER

数据文件

CSV格式可直接用于Excel、R、Python及后续统计分析。

已知肽

Nectin-4已知靶向肽

包含序列、骨架、环数、结合方法、活性数值和证据等级。

下载CSV →
候选库

Top 5000多骨架候选

包含单链、双环和三环候选及统一多目标评分。

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骨架比较

单链、双环与三环比较

汇总不同骨架的候选数量、Top区间表现和开发性指标。

下载CSV →
PDC

PDC组合数据

包含靶向肽、连接子、载荷、偶联位点和释放机制。

下载CSV →
SAR

BT8009结构–活性关系

包含化合物、位点变化、实验指标、数值和来源位置。

下载CSV →
生物活性

实验与活性记录

包含实验终点、数值、单位、模型系统、来源和证据等级。

下载CSV →
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